Немного жаль, что история моей работы, т.е. борьбы с необновлением ссылки, пропаданием блока, нуждой кликать на него два раза и т.д. потеряна, но хотелось бы просто поделиться конечным результатом. Во-первых (речь пойдёт о сочетании jquery.prettyPhoto и Yandex.Share) в последний следует добавить аргумент «описание» в метод обновления ссылки.
Далее, надо продумать, в какое место вставлять код, порождающий объект YandexShare. Это будет непосредственно место под контентом в конструкторе prettyPhoto:

social_tools: /* html code or false to disable */
'<div id="photo_shblock" style="text-align: right; margin-right: 21px; margin-top: -27px;">Поделиться:<script>' +
    "var YaShare = new Ya.share({\n" +
    "    onready: function(instance) {\n" +
    "" +
    "    }," +
    "    element: 'photo_shblock',\n" +
    "    elementStyle: {\n" +
    "        'type': 'none',\n" +
    "        'border': false,\n" +
    "        'quickServices': ['vkontakte', '|', 'facebook', '|', 'twitter', '|', 'odnoklassniki', '|', 'lj']\n" +
    "    },\n" +
    "    title: document.title,\n" +
    "    description: 'http://kremer.pro/gallery/',\n" +
    "    image: ''\n" +
    "});\n" +
    "jQuery('#photo_shblock').prepend('<span id=\"share_title\" style=\"color: #DDD; opacity: 0.8\">Поделиться: </span>');" +
'</script></div>'

Теперь в метод changePage(direction) добавляем вызов самописного метода updateYaShare(); после строчки “rel_index = set_position;“.

А в самом конце плагина (перед ‘})(jQuery);‘) добавляем:

function updateYaShare() {
    var hash = location.hash;
    var hashBase = hash.substring(0, hash.indexOf("/") + 1);
    var newHash = hashBase + rel_index + "/";
    var newLink = location.href.substring(0, location.href.indexOf('#')) + newHash;
    window.YaShare.updateShareLink(newLink, document.title, {}, "http://kremer.pro/gallery/");
}

Собственно, вот и всё решение. В работе это можно увидеть в галерее.